دقیقا منظور از GPIO مستقیم چیه؟ لینوکس که تو ساپورت این از همه نظر بدون مشکله، اگه بخواید برنامه بنویسید که اصلا built-in تو کرنل هست درایورش :
http://www.kernel.org/doc/Documentation/gpio.txt
...